O ile zdaniem zwolenników reformy i wielu konserwatywnych katolików związanych z umiarkowanym tradycjonalizmem Ecclesia Dei nadużycia nie wypływają z nowego rytu jako takiego, a więc nie podważają wartości dokonanej reformy, to wedle zwolenników Bractwa potwierdzają tylko i potęgują szkodliwy z samej istoty wpływ nowego rytu na tak zasadnicze kwestie jak jedność Kościoła, prawowierność kultu i czystość wiary.
Trwając przy rycie rzymskim skodyfikowanym przez papieża św. Piusa V Bractwo posługuje się księgami liturgicznymi wydanymi za pontyfikatu papieża Jana XXIII w 1962 r. Jest to ostatnie wydanie Mszy trydenckiej przed reformą posoborową. Bractwo odrzuca zarówno częściowo zreformowany mszał z 1965 r., jak również nowy mszał Pawła VI z 1969 r. Środowiska tradycjonalistyczne związane z komisją Ecclesia Dei również korzystają z ksiąg liturgicznych wydanych w 1962 r. uzyskując stosowne indulty biskupów poszczególnych diecezji. Kontrowersje wśród tradycjonalistów wzbudza jednak problem tzw. birytualizmu, a więc korzystania przez tradycyjnych kapłanów z obu rytów: czy to rzymskiej Mszy św. Piusa V czy też nowej Mszy Pawła VI. Charakterystyczne jest, że konserwatywni katolicy działający w ramach kościelnych środowisk indultowych[18] napotykają z reguły na silny sprzeciw biskupów wobec swych starań o prawo korzystania z rytu trydenckiego. Z drugiej strony rozmaite eksperymenty liturgiczne, zwłaszcza w grupach młodzieżowych i w środowiskach ekumenicznych, połączone nierzadko z kontaktami międzywyznaniowymi, przebiegające często przy poważnym naruszaniu obowiązujących norm i rubryk liturgicznych traktowane są przez hierarchię znacznie bardziej przychylnie niż dążenie do zachowania starego rytu, które bywa dezawuowane jako »lefebryzm«[19].
(2) Działalność ekumeniczna w Kościele posoborowym należy do kwestii najbardziej znanych, a jednocześnie najmocniej wpływających na postrzeganie Kościoła przez współczesny świat. Pewne elementy ekumenizmu zarysowane w soborowym dekrecie Unitatis redintegratio doprowadziły w dobie posoborowej do zjawiska bez precedensu, a mianowicie do radykalnego przeformowania katolickiej eklezjologii. Tradycyjne nauczanie Kościoła Rzymskiego wywodzące się w nieprzerwanej tradycji od czasów apostolskich, przez pisma Ojców Kościoła, dokumenty soborów i papieży, wyrażało stanowisko o tożsamości Kościoła Chrystusa z Kościołem katolickim (Ecclesia catholica est Ecclesia Christi), za który uważał się Kościół rzymski[20]. Pojawianie się inicjatyw ekumenicznych w środowiskach protestanckich u schyłku zeszłego stulecia spotkało się wówczas z bardzo krytycznym potępieniem przez kolejnych papieży. W swych encyklikach papieże potępiali przejawy ekumenizmu, m. in. Leon XIII w encyklice Satis cognitum (1896), Pius XI w Mortalium animos (1928), a Pius XII w Humani generis (1950). Jako jedyną uprawnioną formę dążenia do jedności chrześcijan przyjmowano w Kościele zasadę powrotu do kanonicznej jedności z Rzymem po przez przyjęcie katolickiej dogmatyki i papieskiego prymatu, który zdefiniowany został już przez Bonifacego VIII w bulli Unam Sanctam (1302), a także w dokumentach Soboru Watykańskiego I (1869-1870).
Współczesne przeorientowanie eklezjologii katolickiej doprowadziło w praktyce do wprowadzenia specyficznie rozumianego poglądu o »trwaniu« Kościoła katolickiego w Kościele Chrystusa (Ecclesia catholica subsistit in ecclesia Christi). W myśl tej koncepcji Kościół Chrystusowy jest ontologicznie odrębny od Kościoła Rzymskokatolickiego i w Kościele Chrystusowym uczestniczy zarówno Kościół rzymski, jak również Cerkiew prawosławna, wspólnoty anglikańskie, starokatolickie, i wszystkie inne wyznania chrześcijańskie. Szerokie rozumienie terminu subsistit nie zostało nigdy oficjalnie zdefiniowane, ani przez ostatni Sobór, ani przez żadnego z posoborowych papieży, a sam termin podatny jest na odmienne interpretacje: od konserwatywnych, aż po radykalnie ekumeniczne. W praktyce posoborowej zaznaczyło się jednak odejście od tradycyjnego rozumienia istoty Kościoła, a wyrazem tego stanowiska są liczne dokumenty ekumeniczne i wypowiedzi najwyższych przedstawicieli hierarchii[21]. Tolerancja, a nawet akceptacja dla tego rodzaju pluralizmu towarzyszy paradoksalnie nader ostrym potępieniom formułowanym wobec tradycjonalistów, którzy z kolei piętnują dokonaną rewolucję jako błędną i szkodliwą.
(3) Problem kolegializmu dotyczy stopniowego odchodzenia w Kościele od ścisłych zasad indywidualnego sprawowania władzy przez poszczególnych przedstawicieli hierarchii. W miejsce monarchii papieża w całym Kościele i biskupów w swych diecezjach powstają liczne rady i organa doradcze, konferencje i synody, które stopniowo przejmują część władzy, a istniejące instytucje zmieniają zakres swych kompetencji. Bractwo ocenia ten proces jako niebezpieczne rozmywanie odpowiedzialności, przekazywanie decyzji w ręce wieloosobowych ciał i narastanie demokracji w Kościele, który tradycyjnie był traktowany jako monarchia. Zdaniem tradycjonalistów istnieje niebezpieczeństwo, że narastające wpływy wiernych w Kościele zaczną sięgać również kwestii doktrynalnych, co grozi radykalną protestantyzacją Kościoła. Rosnące wpływy oddolnych organizacji liberalnych katolików jak np. Ruch 8 maja w Holandii czy też Wir sind Kirche (Jesteśmy Kościołem) w Niemczech i Austrii wydają się potwierdzać tę diagnozę. Rewolucyjne przeobrażenia wielu wspólnot protestanckich w państwach Europy Zachodniej czy w Stanach Zjednoczonych pod wpływem nacisku liberalnych środowisk wiernych tych wyznań wskazują na sposób działania tych mechanizmów.
